2016年11月3日8時30分ごろ、東京湾羽田沖で大量の水蒸気が噴出、
同時に海底を通る東京湾アクアラインでもトンネル崩落事故が発生、政府は原因を海底火山か熱水噴出孔の発生と見て対応を進める。
矢口蘭堂(やぐち らんどう)内閣官房副長官は、ネット上の一般人の動画や目撃報告から、
いち早く巨大生物の存在を示唆するが、一笑に付される。
間もなく巨大生物の尻尾部分がテレビ報道され政府は認識を改める。
巨大生物は多摩川河口から大田区内の呑川を這いずるように遡上し、蒲田で上陸、北進を始める。
対処方針は駆除と決まり、自衛隊に害獣駆除を目的とした出動が要請される。巨大生物は北品川近くで変形、直立二足歩行を始める。
自衛隊の攻撃ヘリコプターが攻撃位置に到着するが、付近に逃げ遅れた住民が発見され、攻撃は中止される。
巨大生物は突然歩行を止め京浜運河から東京湾へと姿を消す。巨大生物は上陸から2時間強で死者・行方不明者100名以上の被害 を出した。
巨大生物の再度襲来に備え、矢口を事務局長とした「巨大不明生物特設災害対策本部(巨災対)」が設置される。
被害地域で微量の放射線量の増加が確認され、巨大生物の行動経路と一致したことから、巨大生物が放射線源と判明する。
米国より大統領次席補佐官および大統領特使が極秘裏に来日し、巨大不明生物は海洋投棄された放射性廃棄物に適応進化した、
「ゴジラ (Godzilla)」と呼称する未発表の生物であること、その研究していた牧悟郎という学者が行方不明であること、
牧が残した謎の暗号化資料等が日本側へ提供された。巨災対は、ゴジラは体内の原子炉状の器官から活動エネルギーを得ており、
そこから生じる熱は血液循環によって発散しているため、血液循環を阻害すればゴジラは生命維持のため自らスクラム停止・急激な冷却を行い、
活動停止するはずであると結論づけ、血液凝固剤の経口投与によってゴジラを凍結させる「矢口プラン」(仮称)の具体検討を始める。
11月7日、前回の倍近い大きさとなったゴジラが鎌倉市に再上陸、横浜市・川崎市を縦断して武蔵小杉に至る。
自衛隊は武蔵小杉から多摩川河川敷を戦場とした 、ゴジラの都内進入阻止のための総力作戦「タバ作戦」を実行するが、
傷一つ付けることができず、突破されてしまう。ゴジラは大田区・世田谷区・目黒区へと進行する。