そこでもゴジラの左目を潰し、右腕を白骨化させるなど激しい戦いを繰り広げるが、
ついにゴジラの放射熱線で機能を発揮した電極 板の雷電攻撃を受けてダウンする。これにより絶命したかに思われたが、
乾燥が完全ではなかったため、残骸の内側から脱皮するように新たなヘドラが出現し、逃亡を図る。
しかし、放射熱線の応用による空中飛行で追撃してきたゴジラに電 極板へ連れ戻され、
電流を浴びて再び押し倒されたうえに未乾燥の内部をえぐり出され、さらなる電流を浴びせられたことで完全死を迎える。
ただし、エピローグではすでに「新たなヘドラ」が誕生していることが示唆されている。
上記のとおり、乾燥には弱いものの完全に倒すことは非常に難しく、ゴジラ史上に残る難敵となっている。
なお、他の怪獣を交えずに全編通してゴジラと1対1で戦った怪獣は、『キングコング対ゴジラ』（1962年）のキングコング以来9年ぶり。
以後の作品では複数の怪獣が登場するタッグマッチ、あるいはハンディキャップマッチ形式が一般的になり、
ヘドラは昭和ゴジラシリーズで最後にゴジラとシングル（1体1）で戦った怪獣となった。
スーツアクターは前述したように中山が担当しており、彼の入った最初の怪獣であるが、スーツデザインと重量の関係からあまり動けず、
ゴジラに入っていた中島春雄がリードしてゴジラが立ち回る感じのアクションにされたという。
劇中、ヘドラが工場の煙突から煙を吸い上げるシーンはスーツ内に中山が入ったままであり、「非常に苦しかった」と語っている。
また、一度撮影中に転んで起き上がれなくなってしまったことがある。

名称
関連書籍などでは各形態は水中棲息期、上陸期、飛行期と表記されるが、最後の形態は成長期、完全期、巨大化期と表記が分かれている。
劇場予告編では「公害怪獣」ではなく、「忍者怪獣」と表記されていた。
中島春雄やスタッフからは「ゴミ」と呼ばれていた。

備考
監督の坂野義光は敵役ヘドラの造形に関し、自ら脚本にト書きを入れるほどのこだわり
（ヘドラの目玉について脚本に「女性器のような」という記述を加えるなど）を見せ、飛行態などのデザインにも積極的に関わっている。
撮影初日にはヘドラの体に毒々しい反射素材の色彩を加えようと思いつき、自ら塗装を始め、ついにはこの作業に1日を費やしてしまった。