>首都では大使館で領事業務を兼ねてるだけで大使と領事は別の役職だし、
当たり前。大使は大使館に一人いるだけ。

>今回のような場合の日本人への対応は領事部の業務。
こんなくだらないことでは動かない。

>外交ルートを使ってマレーシア政府に対応を求める場合は大使館業務。
邦人保護の協力を依頼するなら、領事館から依頼することも普通にある。

たぶん、大使館や領事館の人達と接したことないだろ?
仕事上、現地に行ったときに首席公使をはじめ大使館の人達と飲むことも多い(大使がお見えになるのは極めてまれ)けど、たぶん想像とはだいぶ違うよ。
例えば、大使というのは超偉くて別格。国会議員が行っても大使が出てくるのはまれ。
邦人保護という意味では、在留届を出している現地日本人コミュニティとはパーティーとか交流も多いけど、旅行者などはほとんど相手にしない。
最近だと、てるみくらぶの破綻で帰国の航空券がなくなった人なんかにも、日本の親族からの送金方法のアドバイスはしても、それ以上は何もない。