宇宙の深淵や神聖という要素を求める気持ちもわかるけど
エイリアンがバイオメカノイドという設定なら、
当然そこに何か人為的作用があることは比較的容易に推察でき、
純粋に天然由来の生命体とはならず、人間かアンドロイドが関与している事も十分あり得る。

プロメテウス号出航前に、ウェイランドが何か知的生命体に関する情報を掴んでいて
目的地をLV223に設定し、その惑星でデヴィッドは別行動の調査で黒酢の容器を回収。
それを使って何か企み、その結果ディーコンを生み出し、
更にコヴェナントではネオモーフとプロトモーフを生み出した。
この一連の展開を見れば、デヴィッドが黒幕であることはやっぱり否定できず、
１へとつながる流れでそれが続くとしてもそれは仕方ないと思う。

プロメのシーンで、
エンジニアたちが何かに追われて逃げていくホログラム映像が有ったけど、
あれはたぶん、エンジニアが（デヴィッドとは別に）何かエイリアン的生命体を
作り出したからじゃないか？と思う。
そう考えれば、
エイリアンはデヴィッド系とエンジニア系の２系譜が有るのでは？と言えなくもない。