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音楽理論自体が、人が聞いてて耳なじみがよい響きに規則性を見いだしては名前つけてるものだから、人工的なのは当然かとおもう。

2
コードを転回していけばルートが一番上にくることもあるよ。ただコードのネーミングがいちばん低い音を基準にするから上積が基本になると思う。

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m7(9)とかドミナント7のオルタードでは短2度の積み重ねも普通に出てきますよ。