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1984年9月、恩師である齋藤秀雄の没後10年を偲び、小澤と秋山和慶の呼びかけにより、世界中から齋藤の門下生100名以上が集まり、齋藤秀雄メモリアルコンサートを東京と大阪にて開催。

このコンサートが後のサイトウ・キネン・オーケストラとなる。

1987年に第1回ヨーロッパ楽旅を行い、ウィーン、ベルリン、ロンドン、パリ、フランクフルトにて成功をおさめる。

1992年からはサイトウ・キネン・オーケストラの音楽監督として活動を開始。
このオーケストラでもフィリップスへの録音を多く行っており、今までにベートーヴェン、ブラームスの交響曲全集などを完成させている。

1998年に長野オリンピック音楽監督を務め、世界の国歌を新日本フィルハーモニー交響楽団と録音。
長野オリンピック開会式では、小澤指揮によるベートーベン第九を演奏。
開会式会場と世界5大陸の都市（北京、ニューヨーク、シドニー、ベルリン、ケープタウン）を衛星中継で結び、歓喜の歌を世界同時合唱で結ぶ。

同年、フランス政府からレジオンドヌール勲章を受賞。

2002年1月、日本人指揮者として初めてウィーン・フィルニューイヤーコンサートを指揮。
このコンサートは世界同時生中継され、CDの売り上げ枚数は100万枚を超えた。