>>1です。
気がついたらスレ立てから1年経過していましたので、自分なりに訂正版を考えてみました。

S 港区 千代田区 中央区
A 新宿区 豊島区 渋谷区 文京区
B 品川区 目黒区 台東区
C 中野区 練馬区 杉並区 江東区 大田区
D 墨田区 荒川区 世田谷区 北区
E 足立区 葛飾区 江戸川区 板橋区

主な訂正点としては
・中央区をSランクに統一（都心3区なので）
・台東区をDランク→Bランクに2段階格上げ（7大副都心なので）
・江東区をDランク→Cランクに1段階格上げ（タワマンの建設ラッシュなのと、市場が豊洲に移転するため）
・渋谷区をBランク→Aランクに1段階格上げ（3大副都心なので）
・北区をEランク→Dランクに1段階格上げ（赤羽があるので）
・大田区をDランク→Cランクに1段階格上げ（羽田空港があるので）
・世田谷区をCランク→Dランクに1段階格下げ（よく考えたら地下鉄もJRも通ってない田舎だった）

他にも異論はあると思いますが、これで決定としたいと思います。
皆様ありがとうございました。