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染料、顔料系の塗料や筆が紀元前から日本に存在してたはずだから、当然硯の発見云々以前に文字は使われてたよ。

そもそも魏志倭人伝にはこんな一節がある。

傳送文書賜遺之物詣女王（文書や贈り物を女王に届ける）

紀元200年代後半の邪馬台国で文書があるという事は既に文字が使われていたという事。

一般に日本に文字が伝来したと言われているのはもう少し後だが、それは現物が見つかっているかどうかの話しだと言うことと
漢字伝来前に使われていたとされる神代文字が、偽作が混ざってるのと、神代文字の種類が多すぎて研究が進んでない事が原因。