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信長の支配地では従順だったからなイエズス会
荒木村重の乱の時はキリシタンだった高山親子を寝返らせるためにイエズス会を使ったが、
その時信長は「失敗したら布教許可取り消しな」と脅してる
所詮信長にとってイエズス会はその程度の存在
政教分離政策を始めたのは秀吉の親分の信長だからイエズス会の九州での有様知ったら間違いなく厳しい態度になるよ