国連海洋法条約では「軍艦が他国の領海を無害通航する際には海軍旗を掲げるなど所属を明らかにする義務がある」ですよ。
EEZは領海では無いので、海軍旗を揚げるのは義務では無いような。国籍不明船扱いされても文句は言えないと言うだけ。