日本書紀（持統天皇）の時代に行なわれた宗教改革以前の古い時代の神道では、
王族の祖先である男王神とそれを守護する妹姫神のワンペアが祭祀されていた痕跡は、
伊勢神宮の内宮に建てられる神殿の敷地が、二つ存在することからもうかがえる。

八咫鏡を作る前に、パイロット版として試作された鏡が日前国懸神宮に納められた記録があるが、
この神社は伊勢神宮よりもそれだけ古い神道の姿を今に伝えているとも考えられる。
二殿併設の日前国懸神宮に祭られている神々は、
朝廷の圧力によって時代とともに変えられた可能性があるが、
社殿の形まで変えることは出来なかったようである。

問題は、斎宮制度の廃止によって、
斎王が神がかりして得た神の力を、天皇が受け取って行使する、
祭政一致の統治体制が、宮中祭祀として現存していない点にある。

ただし、天皇の即位にかかわる神事 大嘗祭の本祭の儀式では、
悠紀殿と主基殿の二殿が一対のものとして建てられ、それぞれに神座が用意される。
したがって、一対の神々を祭っていることがうかがえる。
今日の伊勢神宮に天照大神が女神として祭られる形は、
持統天皇を皇祖神と見立てる宗教改革の結果という説を唱える研究者もいる。