＞・地震等の自然災害で日本が沈没する
＞考えられる原因としたら雨・洪水・地震くらいが思いつくけど

あまり想定されてないけど一番被害が大きいのが破局噴火と言われる大噴火。
広範囲に火山灰が降り、火砕流が周辺を焼き尽くす。

箱根が噴火して横浜あたりまで火砕流が行ったことがある。