データそのものの同一性はコンペアかけて一致すれば完全だろうけど
（中にはそこも違うという人もいるがそりゃアホだと思う）
媒体上での記録状態が、音楽再生において再生装置全体のどこかに
なんらかの影響を及ぼす→違いが生ずる
というのは否定しきれない。自分はわからないだろうけど。

CDをCD-Rに焼いて音が変わったなんてのは経験してる人多いでしょう（俺も）