質問です。

月曜と水曜を休みにすることができて、
東京の新宿駅から半径5kmくらい以内にある、
科研費を申請できるような研究機関、組織って何があるでしょうか。

普通の大学だと、土日が休みのはずです。

国立民族学博物館のように、水曜日が休館日だとありえると思うのですが、
この博物館だと大阪にあるので該当しません。