ちょっと前にcore i7 950に改造したものです。
その時の注意点など参考にしてもらえれば。
写真とかまたそのうちうpしたいと思います。
以下、変更したマザボです。

ASUS Rampage II GENE(MicroATX X58+ICH10R)

1.マザボを取り付けるベースのピンが合わない。
→ペンチで左右に何度か曲げると簡単に取れた。
2.SATAコネクタが横を向いている。
→L字型のケーブルを強引につければ対応可能。
3.CPUクーラーのヒートシンクがマザボの取り付け穴に合わない。
→LGA1366だと無理と諦めてべつのCPUクーラーを取り付けた。
合ったとしてもCPU左横のコンデンサと干渉しているため、何かしら
銅板みたいなものをCPUとクーラーの間に挟まないといけないかも。
4.IOパネルが合わない。
→ケースについているパネルをはずして、基盤が見える状態で付けた。
そのあとに自作したパネルを張り付けた。
5.新たに購入した電源が150cmのため取り付けれない。
→外出しw
6.起動スイッチなどのコネクタが合わない。
→配列変換ケーブルで対応。
7.電源を変えたことでスピーカーの電源元として使えない。
→凡用ACアダプタを購入した。

以上、既出の内容も含めまして書き出しました。

結構疲れたなBTOで購入してもよかったかもw