米国からの大使館防衛を理由に爆撃機をグアムから日本に向かわせたとの通知を受けて、政府は正式に米国に攻撃支援を要請する。
港区にまで進行してきたゴジラに対し、米軍の爆撃機による攻撃を始め、ゴジラに初めて傷を負わせることに成功するが、
ゴジラは口から火炎や光線を、背部からも複数の光線を放射しはじめ、爆撃機をすべて撃墜し、港・千代田・中央3区の市街地を破壊する。
総理大臣官邸から立川広域防災基地へ避難するところであった総理大臣らが乗ったヘリコプターも光線によって撃墜され、
総理を含め閣僚11名が死亡する。一方ゴジラは東京駅構内で活動を停止する。
政府機能は立川に移転、総理大臣臨時代理も立てられ、 矢口はゴジラ対策の特命担当大臣に任命される。
米軍の爆撃で得られたゴジラの組織片の分析より、今後ゴジラは無生殖で増殖しネズミ算式に群体化していくことや、
小型化や有翼化、それにより大陸間を超えて拡散する可能性が示唆された。また2週間後には活動再開すると予測された。
国連安保理はゴジラへの熱核攻撃を決議し、住民360万人の疎開が行われる。
巨災対は核攻撃ではなく矢口プランによるゴジラ停止の完遂を切望するが、ゴジラには元素を変換する能力もあったことが判明し、
血液凝固剤が無力化される懸念が生じてしまった。その直後、それまで謎だった牧の暗号化資料の解読の糸口が見つかり、
解読・解析結果からゴジラの元素変換機能を阻害す る極限環境微生物の分子式が得られる。
それを抑制剤として血液凝固剤と併せて投与することで解決の見通しが立った。
国連軍の熱核攻撃開始も間近に迫る中、矢口プランは、「ヤシオリ作戦」という作戦名で、日米共同作戦として開始される。
無人運転の列車を使った爆弾でゴジラを起こし、次にエネルギー消耗のみを狙った米軍の無人航空機群による攻撃が、
ゴジラが光線を出せなくなるまで続く。光線が途切れたところを付近の高層ビルをゴジラに向け爆破・倒壊させてゴジラを転倒させる。
建設機械部隊とコンクリートポンプ車隊が近づきポンプ車のアームより累計数百キロリットルの血液凝固剤をゴジラの口内に流し込む。
これらの繰り返しにより、ようや くゴジラの凍結に成功する。ゴジラは東京駅脇に凍りついたまま立ちつくす。
その尻尾の先端部には背びれを持つ人型の小柄な生物数体が、生じかけたまま静止していた