ハルオは、自らを含む幾人かが侵食を免れたのはフツアの治療によるものであると訴えるが、メトフィエスはそれを承知の上で信者を増やし、
自分たちが崇める神を呼び出す準備をしていることを告白する。
ハルオのメトフィエスへの不信感が募る中、アラトラム号ではメカゴジラシティの一件によって種族間の対立が深刻化する。
ビルサルドは実力行使でアラトラム号の動力室を占拠し、同胞を殺めゴジラ撃滅の好機を逃したハルオの極刑を要求する。
その情報を受け取ったハルオは、マーティンの提案で対立が鎮静化する時間を稼ぐために敢えてフツアの隠れ家に身を隠し、
その中でミアナ及びマイナと交流して、生き残って命を繋げば勝ち、死んで消えれば負けというフツアの価値観を知る。
そしてハルオはかつてゴジラ・アースに敗れた自分を助けて治療した真の恩人であり、
想いを寄せるが故にハルオが死ぬことを恐れるマイナと結ばれる。
しかし同じころ、メトフィエスは自身を怪しむミアナを捕らえた上で信者たちとともに神を呼び出す準備を着々と進め、
遂にエクシフが神と崇める高次元怪獣「ギドラ」を降臨させる。ギドラは信者となった生存者たちを生け贄として喰い尽くし、
この宇宙の法則に囚われないが故に機械に観測されない超常的存在としてアラトラム号の近辺に出現する。
アラトラム号は時空間を歪めるギドラの前に何が起きているか理解できないまま撃沈され、そのままギドラは地上に出現し、
迎撃に現れたゴジラ・アースをも圧倒する。ギドラの力を目の当たりにしたハルオは、
エクシフの真の目的を知るためにメトフィエスと対峙する。