うちのはSysnand起動用とemunand起動用を別のSDカードにしてるから
別々に管理してるけど
sysnandはOFWで起動して公式から更新
emunandはそのSDから起動すればemunandが起動するんでChoiでやってる
余談だけどnandバックアップしたファイルをemunandのフォルダに上書きしたら
nandバックアップがemunandで動くよ
emunandはNSPのセーブファイルとかがあるんでChoiでやるけど