＞（系統樹の）辻褄が合わない

「辻褄」というのは、「SNPの発生が一回しかない」という前提によるもの

もちろん大抵の場合一回なんだが、二回以上発生しないという理由もない
また、一回発生したものが、なくなる場合もある
確率的には稀だけど皆無ではない
そういう場合には、「辻褄が合わない」とされるSNPを
系統樹作成情報から削除するか、
.1、.2、などの符号をつけて区別するか
のいずれかの措置がとられるだろう