＞確実なのは遺伝子頻度から見る近縁具合

確実とかいう以前に基準が違うけどね

Y染色体だけで見るのと、常染色体の情報まで含めて見るのは、全然別だから

後者のほうが、より「自然」だというならわかるけど
その場合、例えば日本人と韓国人の違いはより小さくなるだろうね
Y染色体のHG分布のほうが特異なんだよ