普通に考えたらモーター駆動電圧にはCR123A×2の6Vが直接給電されてるだろうけどSoCのデジタル回路にはLDOとかで3.3V程度に降圧した電圧が供給されてるはず。
モーター音が多少苦しくなってきてもSoC含めデジタル部には影響ないのでBLE通信等には影響ないが、サムターン回転負荷次第ではモーター駆動できなくなる可能性もあるので電圧下がってきたなら早めに電池交換したほうが良いよ。