日本は他の国々と事情がちょっと違う
ヨーロッパの場合子供も大人も活躍の単位は地域
そこで優秀な選手はより強い地域のチームに移籍しプロを目指すという流れ
これだと1つの組織が全体を管理するのが理にかなってる
アメリカの学生スポーツは高校、大学の人気スポーツはほとんどプロのようなものでそれぞれの組織が大きな力を持っているという点では日本野球界と似ている
日本は学生スポーツ、部活は学校教育の一環として位置付けられている(クラブのjrチーム、リトルリーグなどは別)
つまり文部科学省や教育委員会の管轄でありここにプロの組織が関係するのは良くないとされるのがややこしいところ
サッカーやバスケなど高校生、大学生が強化指定選手としてプロの試合に出る事もあるがあくまで特例
規模の問題もあってもしJリーグが欧州トップリーグのような金の動くリーグだったら学生とプロの線引きはきっちり引かれるだろう
日本野球界に統一の組織があった方がいいのはその通りだがそれ以上に日本ではプロ、アマそれぞれ独自にしっかりとした組織である事の方が需要 
技術指導とかにまで垣根を作る必要は無いが