アルゴ内で目覚めたマークは南極でのエマの行動から彼女が自らアランのテロリストグループに協力していると他の面々に語る。　　　　
そこにエマの声明が届き、　　　　　
彼女は「人類の文明活動のせいで崩壊寸前の地球環境を修復するためには怪獣による破壊と再生が必要」と主張する。　
直後にメキシコのイスラ・デ・マーラの火山火口に建てられた第56前哨基地のシステムが　　
テロリストグループにハッキングされ、エマはオルカの信号をそこから流して火山に眠る怪獣を呼び起こそうとする。　
しかし、母の真意に気づいたマディソンがそれに反発して止めようとするもエマはアランに急かされる形でオルカを起動、　　
その音波に反応して火山の火口から"ラドン"が出現する。　　

現地民の避難の時間を稼ぐためアルゴとその護衛部隊が駆けつけてラドンを攻撃、　　　
ラドンはアルゴを敵と見なして飛翔し、護衛部隊を瞬く間に壊滅させアルゴを執拗に追い回す。　　　
しかし、ラドンはアルゴにこの時中米に近づいていたモンスターゼロの元に誘導されて、交戦の末に海へと叩き落される。　　
モンスターゼロは次にイスラ・デ・マーラからの避難民を収容していたアルゴに襲いかかるが、
そこにゴジラも現れてモンスターゼロと海中で激しく争う。　　
だが、そこに米軍が怪獣殲滅用に開発した新兵器　　　
「オキシジェン・デストロイヤー」を搭載したミサイルが飛来して両者の下で炸裂、ゴジラの生体反応は消失するが、　　
一方のモンスターゼロは健在であり、その直後に世界各地のモナークの前哨基地のある地点から次々と怪獣達が目覚め始める。　

世界規模での復活した怪獣による災害が発生する中、これを芹沢はモンスターゼロが他の怪獣を支配し、　　　
自身を中心にした怪獣の群れによる知能的な破壊活動であるとし、さらにアイリーンの調査でモンスターゼロが　　　
"ギドラ"という名前であること、そのギドラは宇宙から襲来した生物でむしろ地球の生態系を破壊する存在であることが示唆される。　
エマも復活させたギドラが他の怪獣達を勝手に操り始めたことで自分のプランが完全に破綻してしまったことに気づき、　　
アランに事態の収束させるよう願い出るが、アランはそれを聞き入れず、両者の間にも亀裂が生まれる。