公式掲示板で「守護神バトルでエラーが出るのは遅いサーバに変えたからだ！」など飛び交っていますが、サーバの問題ではなく設定の問題(ファイルロックを使うか使わないか)なので、ファイルロックを使わない設定にするだけ(時間は20〜30秒程度)で元の状態に戻ります。

ここだと運営やユーザが目にしない可能性が高いので、誰かサブ垢で運営やユーザに伝えると元に戻るかも知れません。
運営には「5月にサーバ移管して6月の守護神バトルからエラーが出るようになりましたが、守護神バトルの獲得団旗のカウンタのファイルロックの設定は点検しましたか？ファイルロックの設定があると複数ユーザのアクセスがあるとエラーが出ますが、設定でファイルロックを使わないようにするとエラーは出ず5月の守護神バトルの状態に戻ると思うのでファイルロックの設定を確認してみて下さい」と伝えれば大丈夫なので誰かサブ垢で代行お願いします。
長くなりましたが、以上です。 連投すみません。　守護神バトルの仕組みについてはほぼ上記で間違いないです。