なお、食糞行為について、便秘ではない個体が排泄してすぐの糞便は空気に触れていないため、衛生上それほど問題はないとされているが、排便後1時間以上経った物や、便秘をしている個体の糞は、有害細菌の働きによって腐敗している。健康に悪影響を与える毒素が発生するので、食糞してはいけないと言われている。特に排便後、空気に触れて一時間経過したものは毒素を多く含み、人間が食すると急性中毒を起こし、強制的に体外排出しない限り死に至ることが多いとされる[要出典]。

植物の栄養源・肥料
糞には窒素やリン酸などが含まれており、生態系の循環の中で植物の栄養源となる。また、人間の手によって、鶏糞、牛糞、人糞などが肥料として利用されている。

動物・家畜の糞
鶏や牛といった家畜の糞は肥料として活用されてきた。多くの場合、自然に放牧することによってなされる。家畜の放牧地は交代で畑として利用され、放牧地であった時の家畜の糞が、そのまま肥料となる。放牧が乏しい今日の日本では、おがくずや藁と混ぜて、専用の発酵施設で臭気を抑えつつ肥料にして利用する。これらの有機肥料を使った農作物は、自然回帰のブームなどにより、近年[いつ?]の無農薬栽培や低農薬栽培などと並んで、高価な値段で出回っており、栄養豊富で味も良いと好評を博している。