沖縄県のホームページより

○令和元年度内閣府の沖縄振興予算総額は3,010億円となっています。

（そのうち、沖縄振興一括交付金が1,093億円、国直轄事業を中心とした公共事業関係費が1,420億円

https://www.pref.okinawa.jp/site/kikaku/chosei/kikaku/yokuaru-yosan.html
毎年3000億円の金が、別枠で沖縄に投下されている。
それが、沖縄県の国庫支出金と国直轄事業費が類似県に比較し突出して多い理由だ。