内閣府のホームページには

○道路、港湾、空港、治山、治水等の公共事業、文教関係の施設整備等については、内閣府において一括計上し、
事業を実施する所管省の一般会計へ移し替え、又は、特別会計へ繰り入れて執行。

と書いてある。
つまり、他県においては県が主体となってやるインフラ整備を、沖縄県に限っては、
内閣府と言う国の機関が国の9割負担で沖縄県に肩代わりしてやっている。
それが沖縄振興予算だ。他県の公共事業の国負担は5割から6割。
その分沖縄県はインフラ整備に金を使わなくて済む。
沖縄振興予算3000億円のうち半分程度を一括交付金として沖縄県の国庫支出金に上乗せしている。
それが、沖縄県の国庫支出金が類似県の2倍以上ある理由だ。

https://www8.cao.go.jp/okinawa/siryou/singikai/senmoniinkaigou/1/01-06.pdf