日本の役所のページ見てきてみ
どこも特別永住者のパスポートは必須としてない
使用する場合も(お持ちの方)としてる
つまりお持ちでない方も想定されてますw
彼らの身分証は特別永住者証明書だよ

https://www.city.yokohama.lg.jp/kurashi/koseki-zei-hoken/todokede/koseki-juminhyo/touroku/20120127202325.html
http://www.city.osakasayama.osaka.jp/kurashi_tetsuzuki/jyuminhyokoseki/gaikokujinjyuminnominasamahe/1410488620032.html