>政府は「海軍の艦艇が自国軍の軍旗を掲げて入港するのは国際慣例」と述べて問題はない
>という態度だが、感情的に受け入れがたいという世論は強い。

これが全て。　国際慣例上全く問題は無い。
識別旗を掲げないと海賊船となり国際法違反。
感情的に受け入れがたいなんてのは全くどうでもよいことだ。