2013年12月19日午前5時45分ごろ、京都市山科区の王将本社前の駐車場に大東氏が自家用車で出勤してきたところ、何者かが待ち伏せし、銃弾4発を胸と腹に浴びせ逃走した。大東氏は心肺停止の状態で病院へ搬送されたが、死亡が確認された。

防犯カメラなどから、犯人は盗難バイクで逃走したとされるが、その足取りは今もわからない。事件当日、大東氏の車には現金が百数十万円あり、手つかずのままだった。府警は金目当ての犯行の可能性は低いとみる。

大東氏の交友関係や王将フードサービスの従業員らから事情聴取した結果、組織の関与が浮上し、企業トップを狙った「組織的なテロ」の可能性が高まった。