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USBなかったらの仮定だけど、マイコンから伸びてる導線の経路上にバイパスさせられそうなスペースなかったら部品取り外してUSB割り込ませた後に部品再取り付けすれば難易度下がるんじゃない?
部品の足にはんだ塗りつけてからもとの位置に戻して足の上からはんだ溶かすやり方なら失敗しにくいかと。
ダマ&部品の熱が心配orフラックス使っても駄目そうな気配ならTCごて用意するのもいいんじゃね?