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素人考えだけど、バクテリアの分解をエアレが促進しているんじゃないだろうか
現状の懸念はメダカってことだろうけど、丈夫なうえ水温で免疫も上がる
極力干渉せず富栄養を抑制するコケや水草の生育を見たり換水しない場合のph推移のデータも取ってみたらどうだろう