バクテリアは入れなくても勝手に濾過バクテリアはできるよ
空気や水道水、流木や生体などに少数の濾過バクテリアがいるのでしょう
アンモニアがあれば自然と分解する濾過バクテリアが増殖すると考えます
亜硝酸なども分解するバクテリアが勝手にできる

パンやミカンを放置すれば、カビの素なんていれなくいても必ずカビ生えるでしょ?
あれはどこにでもカビが存在するわけで、それと同じ