お店の底面ろ過は全部水中にしてるから、底床からの吸い上げだけなら煙突は水中。
だけどガラスぶたに水滴がついて汚れる。
だけど水槽全体に水の流れが生じるので水面にかかるぐらいが一番いいと思う。

エアリフトなら水上は論外。