死水域が出来て困るのは嫌気性バクテリアが発生するからでは？
それなら砂利に浸かってる部分の方が有害じゃないかな
それに水だけの空間は流れを妨げるものが少ないから、完全に水流が無くなることは無いと思うんだけど