金欠で家賃も払えない万事屋3人はついにバイトを決意するが、
行く先々のバイト先でなんと天下の将軍様と遭遇する羽目に…。

同じ頃、真選組は内紛劇により、近藤たちは真選組始まって以来の危機に迫られる。
やがて将軍をも巻き込む陰謀につながり、江戸中で大騒動が勃発する。
この最大の危機に万事屋は、銀時はどう立ち向かうのか。

今回も怒涛のアクションや、一線を超えた（!?）掟破りのパロディが随所に登場するなど、
映画版ならではのオリジナリティーを絶妙にミックス