新モーフィアスって何なの？
→ ネオが作ったゲームのマトリックスのスミスが目覚めて（バグって）モーフィアスとして復活した。
モーフィアスなのでネオを見つけられる。

キアヌがところどころジジイ
→ 機械が隠したネオは周りからそう見えてる

戦争は終わったんじゃないの？
→ 戦争は終わってるアイオも機械と戦ってない。
機械もネオ達を利用してるだけで人と戦ってない。

なんでネオとトリニティは蘇ったの？
→ 戦争終結後、電力問題で機械の中で戦争が起きた
救世主が電池として価値ありそうだった。ネオだけだとハッスルしないのでトリニティもセット

戦争してないのになぜネオ探したの？
→ ネオは信仰の対象だったから一部の人が興味本位で勝手に探してた 。