別に初代と地続きの世界観でもないんだしKOMのODはそういう兵器なんだろうよ
侵略兵器メカゴジラが未来技術で人類の希望にされたり、宇宙からの侵略者キングギドラが日本を守る聖獣扱いされてるパターンと同じパターン

なんなら怪獣総進撃なんてゴジラ達みんな大人しく島で管理されてペット扱いだからな。ODどころか怪獣そのものの扱いが軽い作品もある