＞カーボン補強で完璧に回避できるとは思えない

そのとおり。安全策に過ぎない
カスタムオーダーってのはそういうもんだから。いいもんを狙うというよりなるべくハズレを引かない消極作でいかないと。
ネックの太さも妥協するしかない
本来のギターの買い方ではないのだから
ネックオーダーの場合、だいたいフェンダーUSAやジャパンかそこらに準じたもののアルダーボディとかでネックがどうにも弱くて鳴らないなという一般的な重さのボディに合わせるという想定。

むちゃくちゃ重たいボディに合わせるなら、あえて強度落としたネック柔らかいギターでバランス撮るというのもあるけど
そんなネックじゃそこらの安ギターと同じなんだからわざわざ音質改良の為に買う意味ないし