自分の場合はそんなに変化ないからBiasの入力設定間違えてるかもね〜
てかアンプ通した後に歪足したりとか変な事してない？
MS3のループに歪みしか繋いでないのならBIASはL3一択だぞ
それでもループ通した音色が気に入らないなら直列で繋いでアンプの切り替えはパッチに合わせてmidiでコントロールすれば良いじゃん
まぁ空間系は別途用意するかもだけどね〜