>その音響が、どういう意図で配置されてるのか、よく分らない場合

これは無調だろうが調性だろうが同じ。

結局は聴き手が音楽表現として納得できるかどうかがすべてだ。

今更だが少なくとも近代の芸術は単純に「美しい」ではすまされないものも
追求してるわけで、表現というときにはそこまで考慮しないといけない。もちろん
好みの問題としては「俺はそういう作品は嫌い」ということはありうるが。

>現代音楽では、どういう感覚に身をゆだね、音を選んでゆくのか

自分は作曲家じゃないので具体的にはわかりかねるが、シェーンベルクらの
調性から無調への道ゆきを見たら多少のヒントは掴めるかも。
シェーンベルクの弦四2番→架空庭園の書→3つのピアノ曲、5つの管弦楽曲
と聴き進んでみては如何。