説明が足りなくて申し訳ないです。
メイクを薄め液で落とす→やすりとメラミンスポンジで磨く→自然乾燥させる
という手順を踏んでいます。
白いムラは自然乾燥させるとはっきり見えるようになります。
メイクを落とすときには必ず薄め液を使っていますし、
ｗｉｋｉでも「薄め液はつけ過ぎで白くなったり」「うすめ液自体が本体の素材に余り良くない」と書かれているので、薄め液が原因かと思ったのですが。