ダウン後に強制再チェックかけると数パーセント減ってまた残りをダウン、を数回やっておかしいと思って調べてみたら、
いくつかのファイルがパス文字数256文字制限に引っかかってた。

それらのファイルはダウンは完了*してるんだけど、ファイルには.!qbがついていてファイル名の変更などができなかったりエクスプローラーでの挙動がおかしい。
同じディレクトリでも制限内のファイルは問題なし。

文字数省略設定とか事前に警告してくれればいいのに。

*制限に引っかかった.!qbが付いているファイルをデスクトップにコピーしたものと、ダウン前にフォルダ名を短くして普通に完了させたファイルのハッシュ値を比較