その支払いってまとめて取引の依頼をせず、複数個の落札品それぞれに、
それぞれの送料を合わせた額で支払ったが、ナビでは同梱して浮いた送料分を
払い戻ししてくれって言ってるってこと？

先方に、システムを理解してないんだから、こちらが手数料を負担するような
返金の仕方は出来かねますので、個別発送するしかありません(ｷｯﾊﾟﾘ!)
と伝えてそのまま送ればいいだけじゃん

別に「個別発送になるが良いか？」なんて伺いをたてなくても