Tom made what I thought were silly excuses. トムは私には馬鹿馬鹿しいと思われる言い訳をした（ジーニアス）
直訳したら「トムは私には馬鹿馬鹿しい言い訳だと思うもの（こと）を作った。」となってかなりぎこちないですよね。
だったらいっそのことTom did what....「・・・と思うことをした」とするとしたほうが自然なんじゃないかと思います。
ここは、excuse といえばmakeだから、didじゃなくてmadeになっているとは考えられないでしょうか？

だからTom made some excuses which I thought were silly.の言い換えなんじゃないかなぁという気がしていますが気の所為でしょうか