ホンダの商品には（多分）世界共通で「HONDA」と書いてるわけで、そのロゴが書いている商品を販売する限りは、会社名もローマ字表記で「HONDA」とせざるをえないわけで、それで発音がオンダになるのは仕方ないんじゃないの？
発音を重視してロゴを「JONDA」にするほうが会社としてもコストがかかるだろうし
そもそも、ホンダのマークは、大文字の「H」だな
だったらなおさら「JONDA」にするメリットは薄い
ロゴを「J」に変えるわけにもいかないだろうし