>>127 や >>129 の結論には同意するけど、自分はちょっと考え方が違う。

‹y› に関しては、‹y› を [j] に当てること自体が望ましくない。

文字体系については、アイヌ語にカタカナよりラテン文字のほうがふさわしいというより、一般に音節表記より音素表記のほうが優れてる。
日本語だって、カナで音節表記するよりラテン文字で音素表記するほうが100倍いい。