歴史的には「ね」のほうが東日本方言の基本形で
「ない」は「ね」のかしこまった形という誤った類推が働いて生まれた形

その類推の結果、否定の助動詞が形容詞の活用フルセットを持てるようになったのはものすごく便利だったので
今ではとうとう規範的な日本語として昇格してしまったという話も付いてくるんだけど