Y染色体やミトコンドリアは形質とほとんど関係ないからあんまり淘汰を受けていないだろうね
DNA中のタンパク質をコードしている部分が常に選択に晒されているのに対して
ジャンクDNAは残りやすく経年変異が蓄積されていくのとよく似ている

Yやmtは交雑の割合そのままに、常染色体はそっくり入れ替わるなんてことは普通にあり得るよな
例えば赤道直下人の男性の半分をバイキングが殺して、次世代が半分が北欧赤道ハーフになったとして
数十世代後には北欧人常染色体は淘汰され完全に黒人に戻るだろうけど
北欧Y染色体の割合は50%に近いままだろう

コーカ・モンゴ内のネアン・デニの遺伝子も生存生殖に不利なものの淘汰はほぼ済んでいるだろう
オーストラロイドはまだ淘汰し切っていない状態