現在のアイヌは縄文人だと証明されている：

日本人の遺伝子の 90% は朝鮮からの渡来人で、縄文系は僅か10%
アイヌ人の遺伝子の 70% は縄文系

縄文人の起源、2〜4万年前か　国立科学博物館がゲノム解析 2019/5/13
https://www.nikkei.com/article/DGXMZO44722870T10C19A5CR8000/

東京でサンプルを取った本州の人々では縄文人のゲノムを約10%受け継ぐ一方、
北海道のアイヌの人たちでは割合が約7割、沖縄県の人たちで約3割だった。

国立科学博物館の神沢秀明研究員らは13日、縄文人の全ゲノム（遺伝情報）を解析し、
縄文人が大陸の集団からわかれた時期が今から約2万〜4万年前とみられることがわかったと発表した。

国立遺伝学研究所や東京大学などと共同で、礼文島（北海道）の船泊遺跡で発掘された縄文人女性の人骨の歯からDNAを取り出して解析した。
最先端の解析装置を使い、現代人のゲノム解析と同じ精度でDNA上の配列を特定した。
特定した配列を東アジアで現在暮らす人々の配列と比べた結果、
縄文人の祖先となる集団が東アジアの大陸に残った集団からわかれた時期が約3万8000年前から1万8000年前であることがわかった。

縄文人は日本列島に約1万6000年前から3000年前まで暮らしていたと考えられている。
3000年前以降は大陸から新たに弥生人が渡来し、日本列島に住む人々の多くで縄文人と弥生人以降のゲノムが交わったことがこれまで知られていた。

今回の解析では、国内の地域ごとに縄文人から現代人に受け継がれたゲノムの割合が大きく異なることもわかった。
東京でサンプルを取った本州の人々では縄文人のゲノムを約10%受け継ぐ一方、
北海道のアイヌの人たちでは割合が約7割、沖縄県の人たちで約3割だった。